Œuvres publiées

• Victoire et Triumphe d’Argent (1537)  
• La Contr'Amye (1543)  
• Fontaine d’amour (1545)  
• Estreines (1546)  
• La Premiere Partie du Promptuaire des Medalles (1553)  
• Les nouvelles et antiques merveilles (1554)  
• Ruisseaux de Fontaine (1555)  
• Epitome des cinq livres d’Artemidore (1555)  
• Figures du Nouveau Testament (1556)  
• Les XXI. Epistres d’Ovide (1556)  
• Ode de l'antiquité et excellence de la ville de Lyon (1557)  
• Odes, enigmes et epigrammes (1557)  
• Mimes de Publian (1557)  
• Les dicts des sept Sages (1557)  
• Les sentences du poete Ausone (1558)  
• La salutation au Roy (1564)  
• Le jardin d’amour (1572)  

Pièces éparses

• Lettre de Charles Fontaine à Jean de Morel ()  
• « In Saguntinum » et « Epistre à Sagon » dans Les disciples et amys de Marot contre Sagon, La Hueterie, et leurs adherentz (1537)  

Documents d´archives

• Inventaire après décès de Robine Dugué et Jean Fontaine  
• Extraits du Registre des actes consulaires  
• Registre de notes perpétuelles de Jehan Chaliard